在最新的Ubuntu 22.04 LTS中，第三版Logo现身啦。据介绍，新Logo采用经典的橙、白配色，同时改为了流畅的线条设计，并采用非对称图案设计，橙色也代表了Ubuntu对自身的大胆表达。我们再来看下Ubuntu Logo的演进，2004年首个版本的Logo是多彩的，2010 年推出的第二版更加简洁，从多种颜色减少到现在熟悉的橙色和白色，2022第三版的变化也有类似的实际...阅读全文&g... 阅 读 全 部 >
编者按：代谢组学数据下机啦~如何进行数据筛选？如何进行数据标准化处理？本篇小鹿“安利“一款实用软件：无需复杂的EXCEL操作；无需自己写代码；也无需自己写脚本；可解决代谢组学下机数据地复杂分析？不相信请各位“看官”继续往下看...MetaboAnalyst工具软件MetaboAnalyst是一个基于网络的综合性工具套件，旨在帮助用户...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
目前组学的数据越来越多。其中代谢组学也是其中一个热点。关于代谢组学的相关分析目前用的最多的还是MetaboAnalyst (https://www.metaboanalyst.ca/) 。之前这个数据库一直都是4.0版本。最近刚刚更新了5.0的版本。趁着刚刚更新，我们也就来顺带的介绍这个数据库吧。PS: 从18到现在被引次数就到了1700。可见这个数据库的权威以及研究代谢的人多呀关于MetaboA... 阅 读 全 部 >
近几十年，系统生物学慢慢走近科研者的视野，主要着眼于研究细胞信号转导、基因调控网络和生物系统的组成。多组学联合分析可以由表及里，解析直接原因和根本原因，深入阐释作用机理。在多组学的联合应用中，最终都要落脚到功能注释和通路富集分析，其中基于通路富集分析的图形展示丰富多样，通过此分析可找到与研究相关的通路、关键基因/代谢物，以便进行后续的数据挖掘。小鹿在往期文章中，向大家推荐过一个代谢...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
代谢组学(Metabolomics)是生物体内生化反应的总成，是生命体维持生命的物质基础，也是研究生命活动的重要基础。代谢组学是基于高通量分析和生物信息学技术，研究生命在内、外环境影响下的内源代谢活动，包括对代谢产物种类、数量及其变化规律的检测和分析，从而研究集体生命活动发生和发展的本质。代谢物作为生物学过程的终端产物，其状态改变能够准确地反应细胞功能的变化。研究表明，包括癌症在内的多种疾病...... 阅 读 全 部 >
日前，小鹿为各位代谢组学老师推荐了一款代谢组学分析“神器”MetaboAnalyst网站（详情请戳实用锦囊：MetaboAnalyst代谢组学分析工具实操） ，MetaboAnalyst网站链接: https://www.metaboanalyst.ca/ ）。相信不少老师对这款工具已经有了初步了解~~本期，小鹿为大家带来进阶版教程，以代谢组学通路富集功能为主要切入点 ...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
本文列出了即将发布的 Ubuntu 22.04 LTS 'Jammy Jellyfish' 版本中的所有主要功能。众多 Ubuntu 粉丝对对下一个大版本 Ubuntu 22.04 LTS 应该很是期待了吧。这是一个长期支持版本，将支持五年，直到 2027 年 4 月。即将发布的 LTS 版本带来了几个新功能。如果您使用的是 Ubuntu 20.04 LTS，您会注意到许多视觉变化。如果您使用..... 阅 读 全 部 >
宏基因组学这一概念最早是在1998年由威斯康辛大学植物病理学部门的JoHandelsman等提出的，是源于将来自环境中基因集可以在某种程度上当成一个单个基因组研究分析的想法，而宏的英文是“meta-”，具有更高层组织结构和动态变化的含义。后来加州伯克利分校的Kevin Chen和Lior Pachter将宏基因组定义为“应用现代基因组学的技术直接研究自然状态下的微生物的有机群落，而不需...阅读全... 阅 读 全 部 >
一个优质的测序结果，除了倚仗技术娴熟的实验人员和稳定的测序仪器，更重要的是要有一款集能力和才华于一身的质控软件。高通量测序下机的原始数据rawreads中存在一些低质量数据、接头以及barcode序列等，为消除其对后续分析准确性产生的影响，在数据下机以后对原始数据进行质控处理就成了至关重要的环节。今天，小奥要给大家介绍的就是数据质控界的宠儿——Trimmomatic软件。Trimmo...阅读全文... 阅 读 全 部 >