全长转录组测序常见问题解答
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全长转录组测序常见问题解答
2025-7-22 萌小白
1. PacBio测序平台的技术原理？
利用 PacBio RS II/Sequel 进行全长转录组测序，平台包含 16 个测序模块（SMRT cell），每个 SMRT
cell 包含 15 万/100万个测序单元（零模波导孔，ZMWs）。需要将 mRNA 进行反转录并进行环化处理，形成 CCS，每个
ZMW（零模波导孔）将容纳 1 个 CCS 分子。由于全长转录组测序对 mRNA 不进行打断，直接进行上机测序，而每个 CCS
的片段长度不同，较小的 CCS 会先落入 ZMWs 中，而导致长片段很难测到。因此，在文库构建时，需要将 mRNA
根据长度分成不同的段，分别构建文库和测序。
2. PacBio测序平台测序方案有什么推荐？
对样本进行分段处理，构建不同片段长度的文库，我们推荐每个样本构建3-6个文库。 建议8-15G subreads。
3. 全长转录组测序分析内容包括哪些？
分析内容包括：转录本覆盖度计算、转录本功能注释、转录本GO 分类注释、转录本 eggNOG分类注释、转录本KEGG分类注释、ORF分析、可变剪接分析等。
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