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蛋白质组学初学者指南（上篇）：从入门到精通
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蛋白质糖基化是一种丰度高、结构类型特别复杂的蛋白质翻译后修饰类型，具有很强的宏观不均一性和微观不均一性。据估计，细胞表达的蛋白质有50%以上为糖蛋白。但目前为止，只有不到20%的蛋白质糖基化得到了实验证实。蛋白质的糖基化酶促反应是一个复杂且精密的过程。通过对蛋白质进行复杂而精确的糖基化修饰，细胞内可以产生丰富的蛋白质类型；通过对各类糖基化信号途径的精密调控，细胞中蛋白质的功能得到了极大的拓展...... 阅 读 全 部 >
之前的对rMATS软件做笔记的时候，提到过rmats2sashimiplot这款专门用来对rMATS分析结果做可视化的软件，最近尝试用了下，操作比较简洁，但是还是留了点问题没解决rmats2sashimiplot，网址：rmats2sashimiplot下载git clone https://github.com/Xinglab/rmats2sashimiplotorhtt...阅读全文>&... 阅 读 全 部 >
以下所有环境在Ubuntu20.04环境下vim安装sudoapt-getinstall -y vim删除单行内容光标移动至需要删除的行按下 ESC 键，退出编辑模式双击d 键, 即可删除删除所有的行共有三种方式：第一种方式按下 ESC键，退出编辑模式双击g 键盘...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
大家好，我是二喵妈妈。我家小蓝于今年4月份诊断出湿性猫传腹，现已治愈3个多月。希望这篇文章能帮到大家～本文主要侧重于猫传腹的原理科普，如何诊断FIP以及如何预防猫传腹。特别是如何预防FIP这块，希望猫家长们都认真看看。不要给自己后悔的机会。先看目录：附：关于猫传腹的通俗解释一、猫冠状病毒（FCoV）是什么？二、FIP猫常见的外在症状与内在指标...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
全长转录组研究是理解生物机体功能的一个重要途径。传统二代转录组测序无法直接获得单个RNA分子由5ˊ到3ˊ的全部序列。基于PacBio三代测序平台的转录组研究，无需打断，直接读取反转录的全长cDNA,能够有效的获取高质量的单个RNA分子的全部序列，准确辨别二代测序无法识别的同源异构体（isoform）、同源基因、超家族基因或等位基因表达的转录本。 分析内容 结...阅读全文... 阅 读 全 部 >
2020年， 扬州大学和 百迈客生物公司联合开发了基于ONT平台的植物转录组测序新技术，对ONT、PacBio和Illumina转录组测序进行了详细比较和综合评估。此次给大家带来数据的超精细解读~ 摘要 在许多不同的研究领域中，使用Pacifc Biosciences（PacBio）和牛津纳米孔技术（ONT）进行第三代测序的研究数量正在迅速增加。与二代测序技术的短读长（50-500bp）... 阅... 阅 读 全 部 >
随着测序成本的不断降低，测序通量的不断提升，基因组大数据时代已经到来。无论是拟南芥的 1001 基因组研究项目，还是 3000 株水稻基因组的公布，都让研究者们获得了大量可用的测序数据，同时，不同品系的动植物基因组也逐渐发布，如拟南芥的 col 和 Ler，水稻的 9311 和 Nipponbare，那么如何快速的比较两套不同品系的参考基因组，从而准确鉴别两者之间的差异 SNP &a...阅读全文... 阅 读 全 部 >
微生物重测序是基于高通量测序数据，与近缘参考基因组进行比对，进行变异检测的方法。通过重测序可以获得目标基因组对于参考基因组的SNP、InDel、SV等一系列变异信息，从中尝试对基因组之间的性状差异进行解析，或作为标记进行大规模的进化分析。本期小编将以微生物重测序分析为例给大家介绍短序列比对软件bwa的使用。一BWA 下载安装下载https://nchc.dl.sourceforge.net/pro... 阅 读 全 部 >
做个铺垫上次写的表观遗传学第一弹“如何研究DNA甲基化”的推文，反馈不错，小编还是有点小欣喜的！今天，小编打算把上篇提到的DNA甲基化的BS技术单独提出来，跟大伙儿详细介绍一下基于该技术的数据分析流程及实现。读过上篇的童鞋们已经了解到，BS技术就是基于亚硫酸盐将胞嘧啶C转化成为胸腺嘧啶T并测序。 上篇推文入口 >>Lister等在2008年首次通过该技术研究拟南芥和人的全基因组甲...... 阅 读 全 部 >
撰写： 小高 来源：小张聊科研平台的“ i生信”公众号，微信公众号搜索“ i生信”即可关注/扫描关注见文末#生信分析# #生信发文#今天笔者带来的是一篇整合分析RNA-Seq和ChIP-Seq的文章。RNA-seq是用于分析不同细胞类型和状态的差异基因表达的重要工具，基因表达受到多种机制的调控，包括表观遗传学上的翻译后的组蛋白修饰，这可以通过ChIP-Seq获得。单独分析...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >