分类目录归档：科研&学习

2023
05-20

3分钟带你看懂代谢组学研究中常用的“套路”

上一周谷君给大家介绍了“”，获得了大家的广泛好评。但是懂行的人都知道，代谢组学的研究纷繁复杂、种类繁多，实验得到的数据量也相当惊人。那么如何在代谢组学的研究中理出头绪呢？今天谷君整理了一些常用的“套路”，希望能够给大家一些启发。一：代谢组学分析流程一般来说，代谢组的分析流程有：首先将代谢组分进行预处理， 预处理的方法由测量分析方法决定，如使用质谱方法分析，则需要预先对代谢...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
2023
05-15

手把手教你从转录组数据中筛选关键基因

转录组分析最重要的目的之一就是筛选候选基因，那怎么从海量数据中筛选目的基因成为大家的困惑。这里小编经过归纳总结得出了下面的三种方法： 筛选关键基因的方法有3类：1.表达量﹢功能富集2.表达量﹢实验3.表达量﹢序列根据上面的三种方法不难看出，筛选关键基因的核心是表达量，其实转录组的核心就是以表达量为核心展开其他分析的，然后再附加其他一些信息，找出目标基因；最后将分析结果与研究目的巧妙融合，如果再做一... 阅 读 全 部 >
2023
05-14

单基因的生信分析和实验验证，过5分很容易！？

撰写：生信大师兄 来源：小张聊科研平台的“ i生信”公众号，微信公众号搜索“ i生信”即可关注/扫描关注见文末#生信发文# #科研热点# #单基因#今天我们分享一篇文章，看单个基因的研究发到5分以上的期刊，需要做哪些工作。文章是2023年1月发表在Comput Biol Med期刊上的研究：Identification and analysis of C17...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2023
05-14

4+无代码纯生信：基因家族套路解析

2021年新的开始，现在还能靠纯网页分析发高分生信吗？答案是：YES！今天给大家介绍的是去年9月份发表在 frontiers in Oncology (IF=4.848)的一篇文章，主要内容是基因家族chromobox在结直肠癌中的预后价值及免疫浸润的综合分析。 这篇文章里运用到网页工具如下：Oncomine、Gene Expression Profiling Interactive Analy... 阅 读 全 部 >
2023
05-14

带你一网搞定基因间错综复杂关系

在分子机制的研究中，寻找基因间互作网络是非常重要的。基因间的关系，又可分为蛋白与蛋白之间，蛋白与 DNA之间的相互作用、通路、生理生化反应、共表达、共定位等等。下面介绍一下GENEMANIA数据库，你想知道的数据全都有，网址 http://genemania.org/1打开网址页面如下，首先在网站左上角，有一个搜索栏2输入你想查询的基因名称，点击前面的图标可以选择物种3点击搜索后，可以看到如下界面... 阅 读 全 部 >
2023
05-14

基于短核苷酸序列频率构建细菌系统发育树

目前，原核生物的系统发育分类依赖于16S rRNA基因序列，这种序列在细菌中广泛存在且高度保守，但即使16S rDNA测序的结果显示某些细菌间序列相似性≥99%，但它们仍然不能被归为同一物种。因为基因序列中的一些保守区域并不一定代表真正的进化历史，水平基因转移也可能会影响分析结果。为此研究人员开发了一种方法，并为该方法创建了一个web应用程序Phy5，以及它的命令行版本Phy5cl...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
2023
05-14

这篇最新二区7分 +SCI太牛了！平平无奇，零代码就能搞定？到底好在哪里 ？

今天给大家带来的复现比较经典文章是来自2区的Frontiers in Immunology杂志，影响因子高达7.5分！题目是： Hepcidin Upregulationin Lung Cancer: A Potential Therapeutic Target Associated With Immune Infiltration要素拆解题目：肺癌中铁调素升高可以作为潜在的免疫相关的治疗靶标 疾... 阅 读 全 部 >
2023
05-13

单细胞数据分析没有思路？试试细胞轨迹分析~(内附代码)

通过单细胞转录组测序技术得到海量细胞的表达矩阵，可以对细胞亚群做聚类、注释，鉴定亚群markergenes，寻找组间差异调控网络，绘制组织特异性图谱.....除了这些基本分析思路外，还有没有其他方法可以挖掘出隐藏在丰富数据里的宝藏呢？今天细胞轨迹分析告诉你~一个组织样本中同时含有处于不同分化阶段的细胞，单细胞转录组测序技术一个样本可检测上千甚至上万个细胞，记录下样本中成千上万个细胞的瞬时信息，..... 阅 读 全 部 >
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