前言现在生物学研究中对RNA的研究与日俱增，siRNA，piRNA，miRNA, LncRNA一个个明星分子层出不穷。更有一些新的名词不断产生，如ceRNA。其实ceRNA的提出也有一段时间了，而且它并不是一种新的RNA分子，而是一种调控机制。在最近的研究中表明基因在转录调控中存在多种模式作用，microRNA作为其中一种重要的调控因子，是长短约22nt的短链RNA，能够通过抑制目...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
作者：李誉辉四川大学在读研究生 R_插值_拟合_回归_样条[参考来源](https://jokergoo.github.io/circlize_book/book/the-chorddiagram-function.html)par参数：lty: line type. 可以是数字或者字符, (0 = “blank”, 1 = “solid” (default), 2 = “dashed...阅读全... 阅 读 全 部 >
作者简介taoyan：R语言中文社区特约作家，伪码农，R语言爱好者，爱开源。个人博客: https://ytlogos.github.io/简介Complexheatmap是由顾祖光博士创建的绘制热图的R包，在他的GitHub有十分详细的小品文(Vignettes)说明。Complexheatmap是基于绘图系统grid，因此如果有相应grid的知识，学习起来应该更顺手！设计Complexheat... 阅 读 全 部 >
作者：作图丫背景介绍通常我们进行功能富集分析，对基因集进行功能注释的时候，往往会得到大量显著富集的功能，今天小编给大家介绍的simplifyEnrichment包，就可以通过binary cut的方法，将GOSemSim得到的GO相似度矩阵进行划分，从而将GO划分为几个类，通过注释就可以知道每个类对应的功能是什么。R包安装###通过github安装simplifyEnrichment...阅读全文... 阅 读 全 部 >
一个圆形布局包含扇形(sector)和轨道(track)两个部分.扇形和轨道交叉的地方称之为cell.circlize使用的是R的base图层写的,因此和R自带的画图系统一样,包含high-level函数和低级绘图函数.高级绘图函数可以直接绘图,而低级绘图则只能在创建track之后,才能在上面绘图.circlize中的low level function包括以下几种,每一个其实都在R中存在对应的函... 阅 读 全 部 >
作为目前最常见的一种可视化手段，热图因其丰富的色彩变化和生动饱满的信息表达被广泛应用于各种大数据分析场景。同时，专用于大数据统计分析、绘图和可视化等场景的 R 语言，在可视化方面也提供了一系列功能强大、覆盖全面的函数库和工具包。因此，对从业者而言，用 R 语言绘制热图就成了一项最通用的必备技能。本文将以 R 语言为基础，详细介绍热图绘制中遇到的各种问题和注意事项。原文作者 taoyan，...阅读... 阅 读 全 部 >
一文学会利用ComplexHeatmap包绘制超美热图 大家好，我是风。随着生物信息学的普及，各类在线网站已经能够做出很多精美的图片。一种东西大众化，那想做得脱颖而出，就要考虑如何把大众化的东西做得个性化。尽管绘图网站能够做出精美的图片，然而却无法让你与众不同。好马要靠鞍，好数据也要有个好包装，今天开始，我们来一起学习一个绘制热图的R包——ComplexHeatmap包，用它来为你的文章添加一张让... 阅 读 全 部 >
很忙，很久没有写文章。学习R绘图，这些都是我的兴趣爱好，并非我大的主业。也被我朋友说了很多次，别做这些没用的，既不能带来实际的收益，又耽误正事的时间。但是我可能对绘图有着某种浓烈的兴趣吧，所以总是抽出时间来瞎捣鼓这些。所以今天跟大家分享一个最近无意中实现的对于R-ggridges包的改进。ggridges包有一个很惊艳的函数geom_density_ridges_gradient（）可以绘制多数据... 阅 读 全 部 >
Graphlan可视化进化树撰文：文涛 南京农业的大学责编：刘永鑫 中科院遗传发育所GraPhlAn简介总体来讲，Graphlan是一个可视化进化树和基于分类等级绘制层级分类树的工具。可以制作分类树是它不同于R包ggtree和iTOL的地方。然就进化树而言，iTOL功能最为全面，ggtree最容易上手，从功能上来讲graphlan很多地方不如iTOL，...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
OS论坛专栏叮咚。“OS论坛专栏”上线了，我们将定期挑选OS论坛（网址：www.omicshare.com/forum）的优质内容分享给大家，如代码贴、实用工具分享、软件教程、文献解读等等，给论坛优质内容更多曝光机会，欢迎大家前往OS论坛投稿~，今天推荐论坛入驻网友“生信补给站”的一篇帖子（原帖链接：https://www.omicshare.com/forum/thread-6269-1-1.h... 阅 读 全 部 >