分类目录归档：组学教程

2025
07-15

Genome Med | 灵敏检测所有类型de novo突变！仅HiFi长读长测序即可生成全面的WGS数据

虽然短读长测序可准确地检测小变异，但对大STR、CNV和SV的检测灵敏度有限。长读长测序已被广泛用于人类基因组的从头组装和短读长测序未检测到的SV，但其在单碱基对（bp）分辨率上的准确性较低，这使得它们无法可靠地检测小于50bp的变异。为在基因组分析中满足对长读长和高准确性的双重需求， PacBio公司开发了兼具长读长和高准确度的HiFi长读长测序技术，使得长读长测序也适用于检测微小变异。荷兰马斯... 阅 读 全 部 >
2025
07-15

获评Nature Methods年度技术，长读长测序如何影响肠道研究？

编者按：近期，Nature Methods杂志发布了2022年年度最佳方法，长读长测序技术（Long-read sequencing）荣获这一荣誉。那么长读长技术在生命科学领域有哪些应用呢？又可以如何助力肠道研究呢？今天，我们共同关注长读长测序技术。希望本文能够为相关的产业人士和诸位读者带来一些启发和帮助。① 长读长测序技术令生命科学领域的科学家们兴奋的是，测序仪输出的r...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
2025
01-01

翻译组学测序研究利器|Ribo-seq&Polysome-seq

在所有生命领域中，蛋白质是由核糖体合成的，这个过程被称为翻译。翻译调控的整个幅度和强度超过了转录、mRNA降解和蛋白质降解的总和。因此，在全转录层面内研究RNA的翻译事件至关重要。翻译组测序最初是在酿酒酵母中研究，后来慢慢在很多物种中都有研究，人和小鼠研究最多。翻译组测序可以研究细胞内基因翻译的水平、区域、速率等，结合表观转录组、转录组、小RNA测序、蛋白组等进行关联分析，可以更精确地研究转...... 阅 读 全 部 >
2024
12-27

基于质谱的蛋白质组学初学者指南

基因是遗传的基本单位，但只有当它们被翻译成蛋白质时才会有生命。蛋白质是生物学主要功能的参与者，参与着从生化反应、信号转导到结构支持的整个过程。蛋白质组是生物体液、细胞和组织中存在的所有蛋白质的集合，它反映了生物系统的功能状态。蛋白质组学是对蛋白质组的定性定量研究，常用于比较不同细胞状态之间的差异，被广泛应用学生物医学领域。比如我们可以通过对病毒感染和未感染细胞之间的蛋白组进行差异分析，揭示病...... 阅 读 全 部 >
2024
12-26

蛋白质组学初学者指南（上篇）：从入门到精通

蛋白质组学（proteomics）专注于研究细胞、组织或整个生物体中的所有蛋白质，不仅关注蛋白质的存在，更重要的是它们的表达水平、修饰状态、相互作用以及功能。蛋白质组学的研究具有重要的科学和应用价值。以下，我们将通过一系列精心设计的问题，带您走进蛋白质组学的世界！学习大纲一、蛋白质组学研究意义何在？二、市面上常见的蛋白质组学技术分类有哪些?三、如何选择蛋白质组学...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2024
12-14

干货 | 蛋白质组学原始数据上传流程

1. 介绍一般蛋白质组学数据用于文章发表时，杂志会要求上传质谱数据至公共数据库，供同行下载和分析。ProteomeXchange 是目前使用最多的蛋白质组学数据储存平台。ProteomeXchange旗下的成员包括PRIDE (EMBL-EBI,Cambridge,UK)，PeptideAtlas(ISB, Seattle,WA,USA)，MassIVE (UCSD,San ...阅读全文&g... 阅 读 全 部 >
2024
12-13

蛋白质组学初学者指南（上篇）：从入门到精通

蛋白质组学（proteomics）专注于研究细胞、组织或整个生物体中的所有蛋白质，不仅关注蛋白质的存在，更重要的是它们的表达水平、修饰状态、相互作用以及功能。蛋白质组学的研究具有重要的科学和应用价值。以下，我们将通过一系列精心设计的问题，带您走进蛋白质组学的世界！学习大纲一、蛋白质组学研究意义何在？二、市面上常见的蛋白质组学技术分类有哪些?三、如何选择蛋白质组学...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2024
12-13

资源分享 | 蛋白质研究常用数据库！

当我们投身于蛋白质的研究时，探索的焦点通常汇聚于蛋白质表达的动态变化、蛋白质发生翻译后修饰的精妙调控、蛋白质间错综复杂的相互作用、蛋白质所参与的生命过程和功能、三维结构的奥秘以及作为药物靶点的潜力。每一个研究方向都蕴含着丰富的知识并彼此交织，共同编织出蛋白质世界的复杂图景。为了应对这一领域的复杂性，我们精心整理了一系列常用的蛋白质研究数据库，旨在为科研工作者提供高效便捷的信息资源，节省宝贵的...... 阅 读 全 部 >
2024
12-12

这些数据库，强大-高通量-易操作还容易发SCI！

数据库的提供了生物信息学的极大便利，也是数据挖掘的基础。现在最常见的数据库主要是GEO，TCGA，OMIM等数据库，尤其是前两者，几乎是肿瘤数据挖掘的必备数据库，TCGA更是专门肿瘤数据库。但是科学研究并不全是肿瘤研究，这里精选介绍3种强大的，而且是非肿瘤的数据库，希望对大家有用。1peoteomexchange数据库peoteomexchange数据库是专门蛋白质组学的数据库，包含了各种疾病和各... 阅 读 全 部 >
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