在我们平时的科研中，常常需要知道自己研究的基因组区段是否位于一些调控元件上，如enhancer，promoter或者特定蛋白结合位点（如TFBS）等。ENCODE (Encyclopedia of DNA Elements) 作为DNA调控元件百科全书整合了14,046个来自不同组织或细胞系的各类实验数据，并能通过UCSC genome browser快速可视化检索结果。...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
人类基因组计划（Human Genome Project，HGP）的完成标志着科学家们已将人类的一个完整的遗传密码握在手中。而与这些密码相关的其他内容同时也在静静地参与导演着生命的全过程。于是，一场更加盛大的探究基因组中功能元件的活动拉开了帷幕， DNA 元件百科全书（the Encyclopedia of DNA Element，ENCODE）计划应运而生。ENCODE 项目的目标是建立人类..... 阅 读 全 部 >
一、不求甚解系列软件下载及配置conda安装： conda install -c bioconda homer使用configureHomer.pl完成HOMER软件的配置# 下载配置文件wget http://homer.salk.edu/homer/configureHomer.pl# 使用配置文件进行软件配置perl configureHomer.pl -ins...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
之前我们在介绍很多转录调控相关的数据库的时候，都会提到这些数据库包含了ENCODE数据库。那么ENCODE数据库是什么样的数据库呢？ENCODE（Encyclopedia of DNA Elements, https://www.encodeproject.org/），翻译成中文就是 DNA元素百科全书，其主要目的是为了了解这个基因组当中的调控反应，主要方法还是利用高通量的测序技术来...阅读全文... 阅 读 全 部 >
比较基因组学中,共线性的分析的图无疑是最漂亮的，共线性分析可以很好地解释进化关系和多倍化事件。Mauve是一款非常简便高效的基因组比对工具，可以用它来画基因组共线性图。下面我们就来介绍一下使用方法。操作步骤安装Geneious安装Mauve插件将基因组导入选中要比对的序列选择比对全基因组默认参数，OK等待程序运行完结果出来了，紫色部位是重排区放大之后的效果，可以看到基因组位点间的线性关系再放大可看... 阅 读 全 部 >
ChIP-seq主要用来研究蛋白质和DNA的相互作用，ChIPseeker 可以用来对ChIP-seq数据进行注释与可视化，下面我们就来介绍一下如何用ChIPseeker对chip-seq数据进行可视化操作。操作步骤把所有sample_peaks文件放在工作路径下，格式为#安装程序#source("http://bioconductor.org/biocLite.R") #biocL...阅读全文... 阅 读 全 部 >
起源于欧洲的并行文件系统BeeGFS在全球的高性能计算（HPC）环境中与Lustre和Spectrum Scale有得一拼吗？Frank Herold的回答是肯定的，这不足为奇。Herold是ThinkParQ的首席执行官，该公司创办于2014年，旨在将BeeGFS实现商业化。你可能还记得，BeeGFS最初只是弗劳恩霍夫工业数学研究所（ITWM）内部的一个项目（2005年），当时名为弗劳恩...阅... 阅 读 全 部 >
ATAC-Seq剖析教程系列ATAC-Seq剖析教程：ATAC-seq的布景介绍以及与ChIP-Seq的异同ATAC-Seq剖析教程：原始数据的质控、比对和过滤ATAC-Seq剖析教程：用MACS2软件call peaksATAC-Seq剖析教程：对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评价（一）phantompe...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
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ATAC-Seq简介ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing） 是2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y. Chang试验室开发的用于研讨染色质可及性（通常也了解为染色质的敞开性）的办法， 原理是经过...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
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