在表观多组学联合分析中，我们经常会遇到想对某个区域可视化，每当看到高分文章里漂亮的tracks图，就羡慕不已。今天小编就给大家介绍一款非常好用的python包—pyGenomeTracks，它能够满足Hi-C、ChIP-seq/ATAC-seq、RNA-seq和BS-seq等多种组学数据类型。接下来，就让我们一步步了解下如何实现的吧！pyGenomeTracks的使用方法很简单易懂，首先需要生成相... 阅 读 全 部 >
本期和大家分享糯米饭在使用SRA Toolkit下载NCBI-SRA原始数据的一些Tips，时间宝贵，直接上干货。1.明确Project：SRP119720，打开浏览器，输入：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/?acc=SRP119720&o=acc_s%3Aa2.下载：Accession List「获得SRR_Acc_Lis...阅读全文... 阅 读 全 部 >
RNA 代表核糖核酸和 siRNA——小干扰 RNA（也称为沉默 RNA）。siRNA 是分子中的一种短 (21-23 bp) 双链 RNA 核苷酸，在细胞中发挥各种生物系统的功能。siRNA转染是“转移”，将siRNA细胞内转移到细胞中，这是一个涉及基因沉默的过程。为了成功优化 siRNA 转染，需要合适的转染试剂和转染方法来进行体外和体内RNAi 实验。这些过程因细胞类型...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
终端是一个非常强大的工具，它可能是 Unix 中最有趣的部分。在你可以使用的大量有用的命令和脚本中，有些似乎不太实用，如果不是完全没用的话。这里有一些很有趣的 Bash 命令，其中一些也很有用。让我们一起来看看。1、cal很少有人知道这一点，但任何 Unix 系统都带有内置日历。要访问它，您只需键入：linuxmi@linuxmi:~/www.linuxmi.c...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
基于RNA依赖性RNA聚合酶在宏基因组数据中分类RNA病毒RdRp-based sensitive taxonomic classification of RNA viruses for metagenomic data作者：汤旭博，商家煜，孙燕妮*（通讯作者）摘要随着第二代测序技术的进步，病毒宏基因组测序已经成为发现新型病毒的主要来源。对宏基因组数据中的读数进行生物学分类，已经成为确定样本...... 阅 读 全 部 >
一、软件下载以及安装1.进入NCBI官网https://www.ncbi.nlm.nih.gov/2.点击All Resources3.Downloads4.BLAST (Stand-alone)ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/5.根据电脑系统下载相应的安装包（*.exe）6....阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
全转录组是指特定组织或细胞在特定状态下转录出的所有转录本信息的总和。与常规转录组相⽐，通过构建链特异转录组⽂库和⼩RNA⽂库的全转录组测序可以同时获得mRNA、lncRNA、circRNA和miRNA四种类型的RNA信息，对其进⾏种类鉴定、定量、差异分析和RNA互作整 合分析。⽬前单⼀的mRNA或ncRNA研究可能⽆法满⾜科研需求，通过全转录组测序和联合多种RNA的整合分析可以更全⾯的解析转录..... 阅 读 全 部 >
by 老马上几期我们介绍了lncRNA的研究：1）什么鬼，lncRNA原来这么分析？2）实例解读|高分文章|lncRNA-miRNA作用于心脏肥大；3）实例解读| lncRNA在胃癌中的作用；4）最全长链非编码RNA数据库介绍（上）；5）GWAS+lncRNA是否能成为后基因组研究的宠儿？反映不错！大家对lncRNA的研究很感兴趣。这一期小编继续为大家分享一篇lncRNA+miRNA+m...阅读... 阅 读 全 部 >
by 星之翼近年来lncRNA的研究进展迅猛，各类 lncRNA 被大量发现，lncRNA的研究将是 RNA 基因组研究领域非常热门的一个方向。小编也正好也在做lncRNA相关的课题，今天就总结一下lncRNA的研究套路和最新研究进展。1. LncRNA基本介绍LncRNA：long non-coding RNAs是一类长度大于200nt，但不编码蛋白质的RNAs，广泛存在于动植物...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
在RNA-Seq的分析中，对基因或转录本的read counts数目进行标准化（normalization）是一个极其重要的步骤，因为落在一个基因区域内的read counts数目取决于基因长度和测序深度。很容易理解，一个基因越长，测序深度越高，落在其内部的read counts数目就会相对越多。当我们进行基因差异表达的分析时，往往是在多个样本中比较不同基因的表达量，如果不进行数据标准...阅读全... 阅 读 全 部 >